Mark of the Ninja é um side scrolling com pitadas de ação furtiva, a estória do game começa com um ataque a base ninja, o personagem principal não possui nome e sua missão é salvar seu mestre. Mark of the Ninja, apresenta um ninja capaz de dar conta de qualquer situação de muitas formas, com prática é possível realizar tudo com vários artifícios como equipamentos, bombas de fumaça, estalinhos, caixas de papelão, armadilhas terrestres e muito mais, um visual caprichado que mescla personagens bem animados e cenários e dificuldade na medida certa fazem desse um excelente trabalho que apresenta um novo conceito em jogos.