Cowabunga! Nossa aventura começa com nossas companheiras “Tartarugas Ninjas”, nos esgotos “casa”, comendo uma pizza e assistindo April O’Neil, na televisão, quando de repente… “Pasmem” a cidade desaparece, juntamente com a a Estátua da Liberdade “OH MY GOD”, nesse exato momento surge o Destruidor anunciando a poderosa pedra Hyperstone da Dimensão X e que usará seus poderes para dominar o mundo “HA HA HA risada malévola”, assim nossos heróis saem para salvar o mundo… “Yes… yes… yes… we can”, através de cinco estágios bem distintos. Após as cenas de abertura iniciamos nossa aventura em Scene 1: New York City, nossos heróis enfrentam a gangue do pé nos esgotos e ruas de NY, além de monstros e finalmente o boss Leatherhead… Ufa… jornada bem estranha até aqui… agora vamos para Scene 2: A Mysterious Ghost Ship com as tartarugas surfando no oceano até o o navio pirata, e depois em terra enfrentamos o boss Rocksteady… até aqui tudo fácil… após a vitória encaramos Scene 3: Shred...